Arvydas Laurinavičius, M.D., Ph.D. — Nacionalinio patologijos centro direktorius; Vilniaus universiteto profesorius
129 recenzuoti darbai (1999–2026) ir du suteikti patentai. Kiekvienoje kryptyje įrašai išdėstyti pagal metus (naujausi viršuje); kiekvienas susietas su publikacija.
Šie darbai atspindi aiškią raidą nuo klasikinės diagnostinės patologijos ir nefropatologijos link kiekybinės, dirbtiniu intelektu grįstos skaičiuojamosios patologijos. Ankstyvieji darbai (nuo 1999 m.) sutelkti į inkstų ligas ir diagnostinę imunohistochemiją. Per pastarąjį dešimtmetį programa susitelkė ties vienu klausimu: kaip erdvinė naviko ląstelių ir imuninių infiltratų organizacija naviko mikroaplinkoje koduoja prognostinę informaciją ir kaip ją galima patikimai automatiškai išgauti iš skaitmeninių viso stiklelio vaizdų. Išskirtinis indėlis yra metodologinis: matuojamas erdvinis žymenų pasiskirstymas ir heterogeniškumas, o ne pavieniai vidutiniai rodikliai. Kiekviena toliau pateikta kryptis susieta su atitinkamomis publikacijomis.
Užveskite pelės žymeklį ant ⓘ prie nuorodos ir pamatysite straipsnio pagrindinę mintį (73 iš 129 įrašų turi santrauką pagal anotaciją; santraukos išverstos į lietuvių kalbą).
1. Imunogradientas ir naviko–stromos sąsaja (pagrindinė kryptis)
Automatinis, nuo tyrėjo nepriklausomas naviko–stromos sąsajos nustatymas ir limfocitų tankio gradientų skaičiavimas per ją. Tai pamatiniai metodo darbai ir viešas duomenų rinkinys, kuriais grįstas patentuotas imunogradientas.
2021Laurinavicius A, Rasmusson A, Plancoulaine B, Shribak M, Levenson R: Machine-learning-based evaluation of intratumoral heterogeneity and tumor-stroma interface for clinical guidance. Am J Pathol 2021.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisIntratumorinio heterogeniškumo ir naviko bei šeimininko sąveikos naviko mikroaplinkoje vertinimas tampa vis svarbesnis priimant sprendimus dėl inovatyvaus vėžio gydymo, nes suteikia unikalios informacijos apie ligos būklę. Ypatingos naudos tikimasi iš mašininio mokymosi taikymų, galinčių išskirti ir kiekybiškai įvertinti vizualiai nematomus tiek intratumorinio heterogeniškumo, tiek naviko mikroaplinkos požymius. Šie metodai, remdamiesi morfologiškai išskirtu turiniu ir naudodami tiek aiškius, tiek numanomus požymius, teikia informacijos apie vėžio ląstelių subpopuliacijų heterogeniškumą, galimas naviko ir šeimininko sąveikas bei audinio mikroarchitektūrą.
2020Rasmusson A, Zilenaite D, Nestarenkaite A, Augulis R, Laurinavicius A: Dataset for Immunogradient indicators for anti-tumor response assessment by automated tumor-stroma interface zone detection. 1.00 ed: Vilnius University, 2020.nuolatinės nuorodos nėra
2020Rasmusson A, Zilenaite D, Nestarenkaite A, Augulis R, Laurinaviciene A, Ostapenko V, Poskus T, Laurinavicius A: Immunogradient indicators for anti-tumor response assessment by automated tumor-stroma interface zone detection. Am J Pathol 2020.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisNavikų infiltruojančių limfocitų (TIL) pasiskirstymas naviko mikroaplinkoje turi didelę prognostinę vertę, kuri, atsiradus naujiems imunoterapijos būdams, tampa vis svarbesnė. Metodą pritaikėme chirurgiškai pašalintų hormonų receptorių teigiamų krūties ir storosios žarnos vėžių CD8 imunohistocheminiams vaizdams, siekdami prognozuoti bendrąjį pacientų išgyvenamumą. Abiejose kohortose Imunogradiento rodikliai leido stipriai ir nepriklausomai stratifikuoti pacientus pagal prognozę ir pranoko klinikinius bei patologinius kintamuosius.
2. Intratumorinis heterogeniškumas kaip prognostinis rodiklis
2025Zilenaite-Petrulaitiene D, Rasmusson A, Valkiuniene RB, Laurinaviciene A, Petkevicius L, Laurinavicius A: Reproducibility of Ki67 Haralick entropy as a prognostic marker in estrogen receptor-positive HER2-negative breast cancer. Am J Clin Pathol 2025. pp. 567-80.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisKi67 raiškos intratumorinis heterogeniškumas (ITH) atspindi krūties vėžio (KV) ląstelių proliferacinę įvairovę ir siejamas su ligos progresavimu. Ki67 Haralicko entropija yra atkartojamas ir patikimas iš vaizdų išvestas ITH rodiklis ER+/HER2- KV. Taikant 2 skirtingas skaitmeninės vaizdų analizės (DIA) platformas ir skirtingas mėginių ėmimo sąlygas, ji leido sukurti geresnius prognostinius modelius nei įprastas Ki67 %, o tai patvirtina jos klinikinio taikymo galimybes.
2025Zilenaite-Petrulaitiene D, Rasmusson A, Besusparis J, Valkiuniene RB, Augulis R, Laurinaviciene A, Plancoulaine B, Petkevicius L, Laurinavicius A: Intratumoral heterogeneity of Ki67 proliferation index outperforms conventional immunohistochemistry prognostic factors in estrogen receptor-positive HER2-negative breast cancer. Virchows Arch 2025. pp. 287-98.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisSergant krūties vėžiu (KV), patologai vizualiai vertina ER, PR, HER2 ir Ki67 biožymenis, kad apibūdintų naviko savybes ir prognozuotų ligos baigtis. Daugiaveiksnėje analizėje Ki67 teigiamų ląstelių ITH, išmatuotas Haralicko tekstūros entropija, išryškėjo kaip nepriklausomas blogesnio su KV susijusio išgyvenamumo (BCSS) prognozės veiksnys (rizikos santykis (HR) = 2,64, p = 0,0049), kartu su limfmazgių pažeidimu (HR = 2,26, p = 0,0195). Pažymėtina, kad entropija, atspindinti erdvinę naviko proliferacijos netvarką, pranoko patį proliferacijos lygį, nustatytą tiek patologijos išvadose, tiek DIA.
2021Radziuviene G, Rasmusson A, Augulis R, Grineviciute RB, Zilenaite D, Laurinaviciene A, Ostapenko V, Laurinavicius A: Intratumoral Heterogeneity and Immune Response Indicators to Predict Overall Survival in a Retrospective Study of HER2-Borderline (IHC 2+) Breast Cancer Patients. Front Oncol 2021. p. 774088.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisKrūties vėžys (KV), priskiriamas žmogaus epidermio augimo faktoriaus receptoriaus 2 (HER2) ribinei kategorijai [2+ imunohistochemiškai (IHC 2+)], kelia tyrimo iššūkių, kuriuos dažnai apsunkina intratumorinis heterogeniškumas (ITH). Pristatome naujus prognostinius modelius, pagrįstus skaičiuojamaisiais IHC biožymenų ITH ir Imunogradiento rodikliais, HER2 IHC 2+ KV pacientams. Neamplifikuotuose navikuose nepriklausomą prognostinę vertę turėjo trys Imunogradiento rodikliai: CD8 tankis naviko pusėje sąsajos zonoje (IZ) ir CD8 masės centras buvo susiję su geresniu bendruoju išgyvenamumu (HR: atitinkamai 0,23, p = 0,0079 ir 0,14, p = 0,0014), o CD8 tankio dispersija išilgai naviko krašto prognozavo blogesnį bendrąjį išgyvenamumą (HR: 9,45, p = 0,0002).
2020Zilenaite D, Rasmusson A, Augulis R, Besusparis J, Laurinaviciene A, Plancoulaine B, Ostapenko V, Laurinavicius A: Independent Prognostic Value of Intratumoral Heterogeneity and Immune Response Features by Automated Digital Immunohistochemistry Analysis in Early Hormone Receptor-Positive Breast Carcinoma. Front Oncol 2020. p. 950.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisER, PR, HER2 ir Ki67 imunohistochemija (IHC) taikoma krūties vėžiu sergančių pacientų ligos baigčiai ir atsakui į gydymą prognozuoti. Teigiame, kad hormonams jautraus krūties vėžio (HRBC) pacientams galima sudaryti prognostinius modelius, visiškai pagrįstus skaičiuojamaisiais vaizdų IHC biožymenimis. Intratumorinio heterogeniškumo ir imuninio atsako rodikliai pranoko tiek įprastą krūties vėžio IHC, tiek klinikinius ir patologinius kintamuosius ir gerokai padidino modelio galią.
2016Laurinavicius A, Plancoulaine B, Rasmusson A, Besusparis J, Augulis R, Meskauskas R, Herlin P, Laurinaviciene A, Muftah AAA, Miligy I, Aleskandarany M, Rakha EA, Green AR, Ellis IO: Bimodality of intratumor Ki67 expression is an independent prognostic factor of overall survival in patients with invasive breast carcinoma. Virchows Archiv 2016. pp. 493-502.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisProliferacinis aktyvumas, vertinamas Ki67 imunohistochemija (IHC), yra pripažintas krūties vėžio (KV) prognostinis ir predikcinis biožymuo. Analizė atskleidė tiesiškai nepriklausomus vidinius Ki67 IHC variacijos veiksnius: proliferaciją (raiškos lygį), netvarkingą tekstūrą (entropiją), naviko dydį ir Notingemo prognostinį indeksą, bimodalumą ir koreliaciją. Visi vizualiai ir DIA būdu gauti Ki67 raiškos lygio rodikliai, vertinami kaip pavieniai prognozės veiksniai, turėjo reikšmingas bendrojo išgyvenamumo ribines vertes.
2015Laurinavicius A, Green AR, Laurinaviciene A, Smailyte G, Ostapenko V, Meskauskas R, Ellis IO: Ki67/SATB1 ratio is an independent prognostic factor of overall survival in patients with early hormone receptor-positive invasive ductal breast carcinoma. Oncotarget 2015. pp. 41134-45.↗ visas tekstas
3. Erdvinė imunoonkologija įvairiuose vėžio tipuose
Sąsajos ir erdvinių žymenų metodas, pritaikytas ir patvirtintas įvairiuose solidiniuose navikuose.
Krūties karcinoma
2024Zilenaite-Petrulaitiene D, Rasmusson A, Valkiuniene RB, Laurinaviciene A, Petkevicius L, Laurinavicius A: Spatial distributions of CD8 and Ki67 cells in the tumor microenvironment independently predict breast cancer-specific survival in patients with ER+HER2- and triple-negative breast carcinoma. PLoS One 2024. p. e0314364.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisKrūties vėžys (KV) apima įvairius piktybinius navikus, kurių biologinė ir klinikinė eiga skiriasi dėl vėžio ląstelių ir naviko mikroaplinkos sąveikos. Skaičiuojamieji biožymenys, atspindintys erdvines naviko proliferacijos ir imuninių ląstelių infiltratų savybes, teikė nepriklausomos prognostinės informacijos, papildančios įprastus KV IHC žymenis. Ki67 entropijos ir CD8 imunogradiento rodiklių įtraukimas į prognostinius modelius gali pagerinti pacientų stratifikavimą pagal su KV susijusį išgyvenamumą (BCSS).
Kolorektinis vėžys
2023Talhouni S, Fadhil W, Mongan NP, Field L, Hunter K, Makhsous S, Maciel-Guerra A, Kaur N, Nestarenkaite A, Laurinavicius A, Willcox BE, Dottorini T, Spendlove I, Jackson AM, Ilyas M, Ramage JM: Activated tissue resident memory T-cells (CD8+CD103+CD39+) uniquely predict survival in left sided "immune-hot" colorectal cancers. Front Immunol 2023. p. 1057292.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisNaviko imuninio infiltrato (ypač CD8+ T ląstelių) apibūdinimas turi didelę išgyvenamumo prognozavimo vertę vėžiu sergantiems pacientams. Vien didelis intratumorinių CD8 T ląstelių kiekis nėra išgyvenamumo prognozės veiksnys kairės pusės storosios žarnos vėžio (KRV) atveju ir gali lemti nepakankamą pacientų gydymą. Kairės pusės ligos atveju vertinant tiek su naviku susijusias audinio rezidentines atminties T ląsteles (T(RM)), tiek bendrą CD8 T ląstelių kiekį, galima sumažinti dabartinį nepakankamą pacientų gydymą.
2020Nestarenkaite A, Fadhil W, Rasmusson A, Susanti S, Hadjimichael E, Laurinaviciene A, Ilyas M, Laurinavicius A: Immuno-Interface Score to Predict Outcome in Colorectal Cancer Independent of Microsatellite Instability Status. Cancers (Basel) 2020.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisĮrodyta, kad su naviku susijusios imuninės ląstelės leidžia prognozuoti ligos baigtį sergant storosios žarnos (KRV) ir kitais vėžiais. Šiame tyrime įvertinome imunohistochemiškai nudažytų CD8, CD20 ir CD68 ląstelių tankį 87 KRV atvejuose (48 buvo mikrosatelitiškai stabilūs, MSS, ir 39 turėjo mikrosatelitų nestabilumą, MSI) tiek naviko audinyje, tiek naviko ir stromos sąsajos zonoje (IZ), kuri buvo išskirta anksčiau sukurtu nešališku šešiakampio tinklelio analitikos metodu. Buvo apskaičiuoti imuninių ląstelių gradientų per išskirtą IZ rodikliai ir analizuoti kartu su absoliučiu ląstelių tankiu, klinikiniais ir patologiniais bei molekuliniais duomenimis, įskaitant genų mutacijas (BRAF, KRAS, PIK3CA) ir MSI būklę.
Kepenys / hepatoceliulinė karcinoma
2024Stulpinas R, Jakiunaite I, Sidabraite A, Rasmusson A, Zilenaite-Petrulaitiene D, Strupas K, Laurinavicius A, Gulla A: Low CD8+ Density Variation and R1 Surgical Margin as Independent Predictors of Early Post-Resection Recurrence in HCC Patients Meeting Milan Criteria. Curr Oncol 2024. pp. 5344-53.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisĮ tyrimą įtraukti 41 pacientas, prieš operaciją atitikęs Milano kriterijus; tikslas buvo retrospektyviai nustatyti asmenis, kuriems po rezekcijos kyla didelė kepenų ląstelių karcinomos (HCC) recidyvo rizika – recidyvas pasireiškė 18 iš 41 paciento (43,9 %). Rezultatai rodo, kad CD8+ tankio kintamumo ir chirurginio krašto vertinimo derinys gali padėti nustatyti didelės recidyvo rizikos grupę tarp Milano kriterijus atitinkančių HCC pacientų. Patvirtinimas kohortose su storosios adatos biopsijomis leistų gauti CD8+ pasiskirstymo duomenis prieš operaciją ir padėtų priimti priešoperacinius sprendimus – galbūt teikti pirmenybę kepenų transplantacijai pacientams, kuriems gresia nepilna rezekcija (R1), ir taip reikšmingai pagerinti bendrus gydymo rezultatus.
2024Rackauskas R, Luksaite-Lukste R, Stulpinas R, Bausys A, Paskonis M, Kvietkauskas M, Sokolovas V, Laurinavicius A, Strupas K: The Impact of Chemotherapy and Transforming Growth Factor-beta1 in Liver Regeneration after Hepatectomy among Colorectal Cancer Patients. J Pers Med 2024.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisTebevyksta diskusija dėl chemoterapijos poveikio kepenų regeneracijai po hepatektomijos pacientams, turintiems storosios žarnos vėžio metastazių kepenyse (CRLM), o reguliaciniai mechanizmai lieka neaiškūs. Šis tyrimas rodo, kad po chemoterapijos CRLM pacientų kepenų regeneracija sutrikusi. Be to, šiems pacientams nustatyti mažesni TGF-beta1 kiekiai serume ir mažesnė TGF-beta1 raiška kepenų audinyje, o tai leidžia manyti, kad TGF-beta1 dalyvauja mechanizmuose, slopinančiuose kepenų regeneracinį pajėgumą po didelės apimties rezekcijos po chemoterapijos.
2024Gulla A, Stulpinas R, Grigonyte A, Zilenaite-Petrulaitiene D, Rasmusson A, Laurinavicius A, Strupas K: Overall Survival Prediction by Tumor Microenvironment Lymphocyte Distribution in Hepatocellular Carcinoma After Liver Transplantation. Journal of Surgical Research 2024. pp. 457-67.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisAnkstesni mūsų tyrimai parodė, kad CD8+ ląstelių tankio profiliavimas šešiakampio tinklelio skaitmeninės vaizdų analizės metodu teikia pacientų baigčių po kepenų rezekcijos dėl kepenų ląstelių karcinomos (HCC) prognozės veiksnių. Mūsų modelis atskleidžia, kad priešoperacinis trombocitų skaičius periferiniame kraujyje ir vidutinis CD8+ ląstelių tankis epitelinėje nepiktybinės sąsajos pusėje pašalintų kepenų parenchimoje yra nepriklausomi bendrojo išgyvenamumo po kepenų transplantacijos dėl HCC prognozės veiksniai.
2023Stulpinas R, Zilenaite-Petrulaitiene D, Rasmusson A, Gulla A, Grigonyte A, Strupas K, Laurinavicius A: Prognostic Value of CD8+ Lymphocytes in Hepatocellular Carcinoma and Perineoplastic Parenchyma Assessed by Interface Density Profiles in Liver Resection Samples. Cancers (Basel) 2023.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisKepenų ląstelių karcinoma (HCC) dažnai išsivysto ilgai trunkančios uždegiminės kepenų ligos fone. Nepriklausomi blogesnio bendrojo išgyvenamumo prognozės veiksniai buvo mažas CD8+ tankio standartinis nuokrypis išilgai naviko krašto, didelis vidutinis CD8+ tankis epitelinėje perineoplastinės kepenų ir stromos sąsajos pusėje, ilgesnė operacijos trukmė, didesnis aspartataminotransferazės (AST) kiekis ir didesnis bazofilų skaičius periferiniame kraujyje. Iš šių penkių nepriklausomų veiksnių sudarytas jungtinis balas leido suskirstyti pacientus į tris prognostines kategorijas, kurių 5 metų bendrojo išgyvenamumo tikimybė buvo 76 %, 40 % ir 8 %.
2023Stulpinas R, Morkunas M, Rasmusson A, Drachneris J, Augulis R, Gulla A, Strupas K, Laurinavicius A: Improving HCC Prognostic Models after Liver Resection by AI-Extracted Tissue Fiber Framework Analytics. Cancers (Basel) 2023.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisNepaisant diagnostikos ir gydymo technologijų pažangos, kepenų ląstelių karcinoma (HCC) sergančių pacientų baigčių prognozavimas tebėra iššūkis. Du baudos Cox regresijos modeliai, sudaryti LASSO metodu, pasiekė didesnį nei 0,7 suderinamumo indeksą (C indeksą). Į šiuos modelius įtraukti tokie kintamieji kaip paciento amžius, naviko daugiažidiniškumas ir iš skaidulų išvesti požymiai epitelio krašte tiek naviko, tiek kepenų kompartmentuose.
Urotelinė (šlapimo pūslės) karcinoma
2026Lin YC, Drachneris J, Rasmusson A, Fabijonavicius M, Li WM, Lee HY, Chuang CC, Jankevicius F, Wu WJ, Liang PI, Laurinavicius A: Computational pathology model to predict recurrence-free survival in NMPUC patients on BCG-therapy. NPJ Precis Oncol 2026.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisUrotelinė karcinoma, dažniausiai pasireiškianti kaip neinvazinė į raumenis papilinė urotelinė karcinoma (NMIPUC), pasižymi didele klinikine įvairove. Modeliams kurti ir analizei panaudoti retrospektyvūs duomenys, apimantys 1437 NMIPUC atvejus iš dviejų institucijų Lietuvoje ir Taivane. Federuotojo mokymosi (FL) modeliai buvo patikimesni visose dalyvaujančiose institucijose ir tikslesni nei vienos institucijos modeliai: naviko stadiją jie nustatė 86,2 %, o naviko diferenciacijos laipsnį – 79,2 % tikslumu, o rezultatų skirtumai tarp duomenų rinkinių buvo nedideli.
2024Drachneris J, Morkunas M, Fabijonavicius M, Cekauskas A, Jankevicius F, Laurinavicius A: Spatial Distribution of Macrophage and Lymphocyte Subtypes within Tumor Microenvironment to Predict Recurrence of Non-Muscle-Invasive Papillary Urothelial Carcinoma after BCG Immunotherapy. Int J Mol Sci 2024.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisŠlapimo pūslės neinvazinė į raumenis papilinė urotelinė karcinoma (NMIPUC) yra dažniausias šlapimo pūslės vėžio tipas. Teigiamas pakartotinės transuretrinės rezekcijos (re-TUR) rezultatas anamnezėje (HR: 4,93, p = 0,0001) ir T1 naviko stadija (HR: 2,04, p = 0,0159) buvo susiję su trumpesniu išgyvenamumu be recidyvo (RFS), o G3 diferenciacijos laipsnis pagal 1973 m. PSO klasifikaciją buvo ties reikšmingumo riba (HR: 1,83, p = 0,0522). Daugiaveiksnėje analizėje du modeliai, kurių suderinamumo indeksas viršijo 0,7, apėmė CD11c IDR kartu su teigiama re-TUR anamneze arba naviko stadija.
2024Drachneris J, Morkunas M, Fabijonavicius M, Cekauskas A, Jankevicius F, Laurinavicius A: Prediction of Non-Muscle Invasive Papillary Urothelial Carcinoma Relapse from Hematoxylin-Eosin Images Using Deep Multiple Instance Learning in Patients Treated with Bacille Calmette-Guerin Immunotherapy. Biomedicines 2024.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisDėl riboto neinvazinės į raumenis papilinės urotelinės karcinomos (NMIPUC) diferenciacijos laipsnio vertinimo atkartojamumo būtina ieškoti patikimesnių vaizdais pagrįstų prognozės veiksnių. Tolesniam vertinimui klinikinių ir patologinių kintamųjų kontekste atrinkome modelį, geriausiai stratifikavusį pacientų išgyvenamumą. Geriausią pacientų rizikos stratifikaciją pasiekė MISL su daugiaraiškio fragmentų ėmimo metodu (suderinamumo indeksas = 0,574, p = 0,010), antroje vietoje – 2 metų MIL klasifikacija.
2023Drachneris J, Rasmusson A, Morkunas M, Fabijonavicius M, Cekauskas A, Jankevicius F, Laurinavicius A: CD8+ Cell Density Gradient across the Tumor Epithelium-Stromal Interface of Non-Muscle Invasive Papillary Urothelial Carcinoma Predicts Recurrence-Free Survival after BCG Immunotherapy. Cancers (Basel) 2023.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisImunoterapija Calmette-Guérin bacilomis (BCG) yra pirmos eilės gydymas pacientams, sergantiems didelės rizikos neinvazine į raumenis papiline uroteline karcinoma (NMIPUC) – dažniausiu šlapimo pūslės vėžio tipu. Nustatėme, kad CD8+ ląstelių tankio gradientų rodikliai per naviko epitelio ir stromos sąsają kartu su įprastais klinikiniais ir patologiniais duomenimis pagerina išgyvenamumo be recidyvo (RFS) prognozavimą sergant NMIPUC. Vienaveiksnėje klinikinių ir patologinių veiksnių analizėje su trumpesniu RFS buvo susiję ankstesnė NMIPUC anamnezė, žema naviko diferenciacija ir pT1 stadija (p < 0,05).
Inkstų ląstelių karcinoma
2026Fabijonavicius M, Garnelyte A, Zilenaite-Petrulaitiene D, Rasmusson A, Drachneris J, Cekauskas A, Jankevicius F, Laurinavicius A: Spatially-resolved CD8+ and CD34+ computational immunohistochemistry indicators improve post-nephrectomy risk stratification in clear cell renal cell carcinoma. Hum Pathol 2026. p. 106114.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisŠviesiųjų ląstelių inkstų ląstelių karcinoma (ccRCC) yra heterogeniškas navikas, kuris po nefrektomijos gali progresuoti kaip vietinė arba tolimoji liga. Imuninių ir kraujagyslinių komponentų erdviniai dėsningumai naviko ir stromos sąsajoje nepriklausomai prognozuoja išgyvenamumą be progresavimo (PFS) ccRCC pacientams po nefrektomijos ir gali patobulinti dabartines rizikos stratifikavimo schemas tiek iš karto po operacijos, tiek stebėjimo metu. Sukurti du prognostiniai modeliai: pradinis modelis, naudojantis po operacijos prieinamus kintamuosius, ir ligos eigos modelis, papildomai įtraukiantis stebėjimo duomenis.
4. Dirbtinio intelekto ir mašininio mokymosi metodai patologijoje
Segmentavimas, silpnai prižiūrimas išgyvenamumo mokymasis, federacinio ir daugiamodalio mokymosi modeliai bei skaitmeninės vaizdų analizės metodai, kurti ir taikyti įvairiuose audiniuose.
2026Witowski J, Zeng KG, Cappadona J, Elayoubi J, Choucair K, Chiru ED, Chan N, Kang YJ, Howard F, Ostrovnaya I, Fernandez-Granda C, Schnabel F, Steinsnyder Z, Ozerdem U, Liu K, Abdulsattar W, Zong Y, Daoud L, Beydoun R, Saad AM, Thakore N, Sadic M, Yeung F, Liu E, Hill T, Swett B, Rigau D, Clayburn AJ, Speirs V, Vetter M, Sojak L, Muenst S, Baumhoer D, Pan JW, Makmur H, Teo SH, Pak LM, Angel V, Zilenaite-Petrulaitiene D, Laurinavicius A, Klar N, Piening BD, Bifulco C, Jun SY, Yi JP, Lim SH, Brufsky A, Esteva FJ, Pusztai L, LeCun Y, Geras KJ: Multi-modal AI for comprehensive breast cancer prognostication. Nat Commun 2026.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisKrūties vėžio gydymas parenkamas vertinant riziką pagal molekulinius potipius ir klinikines bei patologines charakteristikas. DI testas yra patikimas metodas prognozuoti laikotarpį be ligos (C indeksas: 0,71 [0,68–0,75], HR: 3,63 [3,02–4,37, p < 0,001]). Tiesioginiame palyginime DI testas pasižymi skaitiniu požiūriu geresne diskriminacija (C indeksas: 0,67 [0,61–0,74]) nei standartinis 21 geno tyrimas (C indeksas: 0,61 [0,49–0,73]).
2026Kanapeckaite A, Peters CJ, Laurinavicius A, Geris L: Novel discovery framework: harnessing adaptive learning for breakthroughs in drug development and clinical applications. Integr Biol (Camb) 2026.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisBrangus naujų vaistų kelias į rinką ir dažnas jų atkritimas paskatino ieškoti naujų vaistų tyrimų ir kūrimo (R&D) sistemų. Be to, parodome, kaip turės keistis taikomojo DI ir giliojo mokymosi sistemos ir kokie sprendimai jau prieinami. Todėl pateikiame naujų giliojo mokymosi architektūrų, skaitmeninių dvynių ir klinikinių tyrimų pavyzdžių.
2025Weishaupt H, Besusparis J, Weis CA, Porubsky S, Laurinavicius A, Leh S: Unsupervised learning for labeling global glomerulosclerosis. Comput Biol Med 2025. p. 110719.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisVaizdų žymėjimas prižiūrimajam mokymuisi nefropatologijoje yra labai imlus laikui ir priklauso nuo srities žinių. Svarbu tai, kad šie rezultatai tvirtai pagrindžia klasterizavimą kaip patikimą pagrindą tolesniems interaktyvaus žymėjimo ar neprižiūrimojo mokymosi metodams. Apskritai šie rezultatai galėtų gerokai išplėsti galimybes ir perspektyvas bendruomenei kurti kliniškai taikomus glomerulų klasifikavimo modelius.
2023Besusparis J, Morkunas M, Laurinavicius A: A Spatially Guided Machine-Learning Method to Classify and Quantify Glomerular Patterns of Injury in Histology Images. J Imaging 2023.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisGlomerulų ligų diagnozė pirmiausia grindžiama vizualiu histologinių dėsningumų vertinimu. Siūlome erdviškai valdomą CNN klasifikatorių, kuris mūsų eksperimentuose parodė galimybę labai tiksliai lokalizuoti intraglomerulinius dėsningumus. Pasiūlyta erdviškai valdoma CNN klasifikatoriaus modifikacija pasiekė didžiausią glomerulų dėsningumų klasifikavimo tikslumą – plotas po kreive (AUC) siekė iki 0,981.
2021Morkunas M, Zilenaite D, Laurinaviciene A, Treigys P, Laurinavicius A: Tumor collagen framework from bright-field histology images predicts overall survival of breast carcinoma patients. Sci Rep 2021. p. 15474.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisNaviko mikroaplinkoje specifiškai išsirikiavęs kolagenas, kaip įrodyta, skatina naviko progresavimą, nukreipdamas metastazuojančių ląstelių migraciją išilgai savo struktūrinio karkaso. Sukūrėme ir apmokėme dirbtinius neuroninius tinklus (ANN) skirtingai anotuotų vaizdo fragmentų rinkiniais kolageno skaiduloms segmentuoti ir visoje kohortoje išskyrėme 37 kolageno skaidulų morfometrijos, tankio, orientacijos, tekstūros ir fraktalinių savybių požymius. Nepriklausomi ANN modeliai, apmokyti su labai skirtingomis anotacijomis, sukūrė pakankamai suderintas kolageno segmentavimo kaukes ir leido sudaryti patikimus prognostinius Cox regresijos modelius (tikėtinumo santykiai 14,11–22,99, p < 0,05), pranokusius įprastus klinikinius parametrus (pirminio naviko dydį (T), regioninių limfmazgių būklę (N), histologinį diferenciacijos laipsnį (G) ir paciento amžių).
2021Budginaite E, Morkunas M, Laurinavicius A, Treigys P: Deep Learning Model for Cell Nuclei Segmentation and Lymphocyte Identification in Whole Slide Histology Images. Informatica 2021. pp. 23-40.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisPriešvėžinė imunoterapija iš esmės keičia daugelio navikų tipų klinikinį gydymą, krypstant į mažiau žalingus ir labiau individualizuotus gydymo planus nei įprasta chemoterapija ar spindulinis gydymas. Antra, siekdami atskirti limfocitus nuo visų segmentuotų branduolių, tyrėme daugiasluoksnį perceptroną ir pasiekėme 0,70 klasifikavimo F rodiklį. Pažymėtina, kad spalvų normalizavimas reikšmingai pagerino segmentuotų branduolių dvejetainį klasifikavimą (F rodiklis = 0,80).
2020Bueno G, Gonzalez-Lopez L, Garcia-Rojo M, Laurinavicius A, Deniz O: Data for glomeruli characterization in histopathological images. Data Brief 2020. p. 105314.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisŠiame straipsnyje pateikti duomenys yra dalis viso preparato vaizdų (WSI) rinkinių, sukurtų Europos projekte AIDPATH. Šie duomenys taip pat susiję su moksliniu straipsniu „Glomerulosclerosis Identification in Whole Slide Images using Semantic Segmentation“, paskelbtu žurnale „Computer Methods and Programs in Biomedicine“ [1]. Tame straipsnyje pristatomi ir aptariami įvairūs giliuoju mokymusi pagrįsti glomerulų segmentavimo ir jų klasifikavimo į normalius ir sklerozuotus metodai. Čia aprašomi ir pateikiami naudoti neapdoroti duomenys.
2019Joseph J, Roudier MP, Narayanan PL, Augulis R, Ros VR, Pritchard A, Gerrard J, Laurinavicius A, Harrington EA, Barrett JC, Howat WJ: Proliferation Tumour Marker Network (PTM-NET) for the identification of tumour region in Ki67 stained breast cancer whole slide images. Sci Rep-Uk 2019 12845.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisNekontroliuojama proliferacija yra vėžio požymis ir gali būti įvertinta žymint krūties audinį imunohistochemiškai Ki67 – su ląstelių proliferacija susijusiu baltymu. Sujungtame duomenų rinkinyje, palyginti su rankiniu etaloniniu žymėjimu, gautas 0,74 Dice koeficientas, 70 % teigiama prognostinė vertė ir 88,3 % neigiama prognostinė vertė. Skirtumai tarp skirtingų šaltinių vaizdų buvo minimalūs, o modelis papildomai išbandytas su estrogenų ir progesterono receptorių žymėtais vaizdais.
2019Abdelsamea MM, Pitiot A, Grineviciute RB, Besusparis J, Laurinavicius A, Ilyas M: A cascade-learning approach for automated segmentation of tumour epithelium in colorectal cancer. Expert Syst Appl 2019. pp. 539-52.↗ visas tekstas
2019Abdelsamea MM, Grineviciute RB, Besusparis J, Cham S, Pitiot A, Laurinavicius A, Ilyas M: Tumour Parcellation and Quantification (TuPaQ): a tool for refining biomarker analysis through rapid and automated segmentation of tumour epithelium. Histopathology 2019.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisTuPaQ yra labai greitas ir tikslus storosios žarnos navikų epitelio ir stromos kompartmentų atskyrimo metodas. Tai leis tiksliau ir objektyviau analizuoti imunohistocheminius tyrimus.
2018Morkunas M, Treigys P, Bernataviciene J, Laurinavicius A, Korvel G: Machine Learning Based Classification of Colorectal Cancer Tumour Tissue in Whole-Slide Images. Informatica 2018. pp. 75-90.↗ visas tekstas
2018Gallego J, Pedraza A, Lopez S, Steiner G, Gonzalez L, Laurinavicius A, Bueno G: Glomerulus Classification and Detection Based on Convolutional Neural Networks. J Imaging 2018 20.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisGlomerulų klasifikavimas ir aptikimas inkstų audinio pjūviuose yra esminiai nefropatologijos procesai, būtini teisingai ligų diagnozei. Rezultatai rodo, kad šis metodas tinka teisingai aptikti glomerulus viso preparato vaizduose (WSI): jis yra patikimas ir mažina klaidingai teigiamų bei klaidingai neigiamų aptikimų skaičių. Siūlomas metodas taiko konvoliucinius neuroninius tinklus (CNN) dviem klasėms – glomerulas ir ne glomerulas – kad aptiktų vaizdo segmentus, priklausančius glomerulų sritims.
2018Abdelsamea MM, Pitiot A, Grineviciute RB, Besusparis J, Laurinavicius A, Ilyas M: A Novel Machine-Learning Approach for Segmentation of Tumour Epithelium in Colorectal Cancer. Journal of Pathology 2018. p. S45.nuolatinės nuorodos nėra
2014Daunoravicius D, Besusparis J, Zurauskas E, Laurinaviciene A, Bironaite D, Pankuweit S, Plancoulaine B, Herlin P, Bogomolovas J, Grabauskiene V, Laurinavicius A: Quantification of myocardial fibrosis by digital image analysis and interactive stereology. Diagn Pathol 2014. p. 114.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisŠirdies fibrozė ardo normalią miokardo struktūrą ir tiesiogiai veikia širdies funkciją bei išgyvenamumą. Abu taikyti skaitmeninės vaizdų analizės metodai parodė beveik tobulą koreliaciją su etalonu, gautu stereologinio tinklelio skaičiavimu, ir tikslumu pranoko patologo vizualų vertinimą. Genie algoritmas pasirodė esąs tinkamiausias metodas; vienintelis jo trūkumas – nedidelis sisteminis įverčio sumažinimas, kuris laikomas priimtinu tiek klinikiniams, tiek moksliniams vertinimams.
2014Besusparis J, Jokubauskiene S, Plancoulaine B, Herlin P, Laurinaviciene A, Buivydiene A, Laurinavicius A: Quantification Accuracy of Liver Fibrosis by In Vivo Elastography and Digital Image Analysis of Liver Biopsy Histochemistry. Analytical Cellular Pathology (Amsterdam) 2014. p. 317635.↗ visas tekstas
2014Asoklis R, Kadziauskiene A, Paulavicieine R, Petroska D, Laurinavicius A: Quantitative histopathological assessment of ocular surface squamous neoplasia using digital image analysis. Oncology Letters 2014. pp. 1482-6.↗ visas tekstas
5. Skaitmeninės patologijos standartizavimas ir informatika
Metodikos, kokybės kontrolė ir informatikos standartai, užtikrinantys kiekybinės patologijos atkuriamumą ir sąveikumą, įskaitant tarptautines Ki67 ir HER2 atkuriamumo studijas bei SNOMED CT ir viso stiklelio informatiką.
2026Hogstrom L, Laurinavicius A, Alvarez MG, Nakken S, Guldvik IJ, Sanchez CM, Papadodima O, Voutetakis K, Maehle PM, Zerbe N, Sekerija M, Fullaondo A, Hovig E: European cancer data sharing: Analyses of an international survey. Int J Med Inform 2026. p. 106544.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisKlinikinių ir biožymenų duomenų dalijimasis tarp institucijų spartina vėžio tyrimus, tačiau Europos duomenų dalijimosi praktika menkai apibūdinta. Apklaustųjų nuomone, BDAR atitiktis ir teisinis sudėtingumas yra pagrindinės kliūtys dalytis vėžio duomenimis Europoje. Nenuoseklus duomenų standartų taikymas kelia riziką Europos sveikatos duomenų erdvės (EHDS) įgyvendinimui. Vėžio tyrimų tinklaveikai plėtoti reikalingos investicijos į teisinę pagalbą, sąveikumą ir personalą.
2026Dapkute A, Niaksu O, Juodakis J, Jankauskiene D, Trinkunas J, Laurinavicius A, Jovaisa T, Ringaitiene D, Atraskeviciene M, Masiliunas R: Lithuania’s National Digital Health System Architecture, Evolution, and Lessons From a Centralized Approach Using Longitudinal Document Analysis: Descriptive National Case Study. JMIR Form Res 2026. p. e91911.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisNacionalinės skaitmeninės sveikatos sistemos vis labiau pripažįstamos kaip svarbi priemonė sveikatos priežiūros sistemoms stiprinti ir pacientų baigtims gerinti. Centralizuota Lietuvos skaitmeninės sveikatos sistema iliustruoja tiek nacionalinio masto integracijos, grindžiamos teisiniais įpareigojimais ir standartizuotu sąveikumu, galimybes, tiek jos ribotumus. Jos patirtis teikia perkeliamų įžvalgų sveikatos sistemoms, siekiančioms sujungti fragmentuotą infrastruktūrą ir kartu užtikrinti duomenų saugumą, teisės aktų laikymąsi ir ilgalaikį sistemos prisitaikymą.
2024Tucci F, Laurinavicius A, Kather JN, Eloy C: The digital revolution in pathology: Towards a smarter approach to research and treatment. Tumori 2024. pp. 241-51.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisPateikiama glausta, tačiau struktūruota dirbtinio intelekto (DI) pagrindų apžvalga – ekspertinės sistemos, klasikinis mašininis mokymasis ir gilusis mokymasis – kartu su jų taikymu klinikiniuose tyrimuose ir sveikatos priežiūroje. Išsamiai nagrinėjami dabartiniai DI taikymai onkologijoje, ypač diagnostiniame vaizdinime ir patologijoje. Daug DI priemonių jau gavo reguliavimo institucijų patvirtinimą, o dar daugiau aktyviai kuriama; jos teikia akivaizdžią naudą, tačiau kelia ir iššūkių.
2024Salto-Tellez M, Eloy C, Laurinavicius A, Fraggetta F: Integrated diagnostics, complex biomarkers, and a new frontier for tissue pathology. Histopathology 2024. pp. 562-5.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisKokia bus kita revoliucinė technologija, vėl pakeisianti kasdienę patologijos praktiką? Šiame vedamajame straipsnyje pagrindžiame, kad onkologinei diagnostikai reikia sudėtingesnių biožymenų, atitinkančių vidinį vėžio biologijos sudėtingumą. Tokio sudėtingumo bus pasiekta validuojant technologijas, gebančias generuoti prasmingesnius biologinius duomenų taškus (audinių patologijoje tai geriausiai iliustruoja tokios technologijos kaip multipleksinė imunofluorescencija), ir, dar svarbiau, sistemingai analizuojant multimodalinių technologijų rezultatus dirbtinio intelekto priemonėmis – tai ir yra integruotosios diagnostikos esmė. Aprašydami šiuos procesus, autoriai pabrėžia lemiamą vaidmenį, kurį histopatologija vėl atliks dar vienoje diagnostikos transformacijoje.
2022Acs B, Leung SCY, Kidwell KM, Arun I, Augulis R, Badve SS, Bai YL, Bane AL, Bartlett JMS, Bayani J, Bigras G, Blank A, Buikema H, Chang MC, Dietz RL, Dodson A, Fineberg S, Focke CM, Gao DX, Gown AM, Gutierrez C, Hartman J, Kos Z, Laenkholm AV, Laurinavicius A, Levenson RM, Mahboubi-Ardakani R, Mastropasqua MG, Nofech-Mozes S, Osborne CK, Penault-Llorca FM, Piper T, Quintayo MA, Rau TT, Reinhard S, Robertson S, Salgado R, Sugie T, van der Vegt B, Viale G, Zabaglo LA, Hayes DF, Dowsett M, Nielsen TO, Rimm DL, Grp BI, BIG-NAB NABCG: Systematically higher Ki67 scores on core biopsy samples compared to corresponding resection specimen in breast cancer: a multi-operator and multi-institutional study. Modern Pathology 2022.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisKi67 turi potencialią klinikinę reikšmę sergant krūties vėžiu, tačiau dėl tarplaboratorinio kintamumo dar nėra plačiai pripažintas. Tarp gretimų Ki67 IHC pjūvių nustatyta labai didelė koreliacija ir nebuvo sisteminės paklaidos (p = 0,08). Storosios adatos biopsijų preparatuose Ki67 vertės buvo didesnės nei suporuotuose viso pjūvio rezekcijos preparatuose (p ≤ 0,001; skirtumų mediana 5,31 %).
2021Yousif M, van Diest PJ, Laurinavicius A, Rimm D, van der Laak J, Madabhushi A, Schnitt S, Pantanowitz L: Artificial intelligence applied to breast pathology. Virchows Arch 2021.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisSkaitmeninės patologijos ir kompiuterinės regos konvergencija vis dažniau leidžia kompiuteriams atlikti žmonių atliekamas užduotis. Dirbtinis intelektas (DI) daro stulbinamai teigiamą poveikį patologijai, įskaitant krūties patologiją. Mašininio mokymosi tyrimai ir algoritmų, besimokančių dėsningumų iš žymėtų skaitmeninių duomenų – remiantis „giliojo mokymosi“ neuroniniais tinklais ir požymių inžinerijos metodais – kūrimas histologiniams vaizdams analizuoti pastaruoju metu davė daug žadančių rezultatų.
2020Acs B, Leung SCY, Kidwell KM, Arun I, Augulis R, Badve SS, Bai YL, Bane AL, Bartlett JMS, Bayani J, Bigras G, Blank A, Borgquist S, Buikema H, Chang MC, Dietz RL, Dodson A, Ehinger A, Fineberg S, Focke CM, Gao DX, Gown AM, Gutierrez C, Hartman J, Hugh JC, Kos Z, Laenkholm AV, Laurinavicius A, Levenson RM, Mahboubi-Ardakani R, Mastropasqua MG, Moriya T, Nofech-Mozes S, Osborne CK, Pantanowitz L, Penault-Llorca FM, Piper T, Quintayo MA, Rau TT, Reinhard S, Robertson S, Sakatani T, Salgado R, Spears M, Tarczynski JS, Sugie T, van der Vegt B, Viale G, Virk S, Zabaglo LA, Hayes DF, Dowsett M, Nielsen TO, Rimm DL, Grp IKBCW, BIG-NABCG: Analytical validation and prognostic potential of an automated digital scoring protocol for Ki67: An International Ki67 Working Group study. Cancer Research 2020.↗ visas tekstas
2019Rimm DL, Leung SCY, McShane LM, Bai Y, Bane AL, Bartlett JMS, Bayani J, Chang MC, Dean M, Denkert C, Enwere EK, Galderisi C, Gholap A, Hugh JC, Jadhav A, Kornaga EN, Laurinavicius A, Levenson R, Lima J, Miller K, Pantanowitz L, Piper T, Ruan J, Srinivasan M, Virk S, Wu Y, Yang H, Hayes DF, Nielsen TO, Dowsett M: An international multicenter study to evaluate reproducibility of automated scoring for assessment of Ki67 in breast cancer. Mod Pathol 2019. pp. 59-69.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisBranduolinis proliferacijos biožymuo Ki67 gali atlikti prognostinį, predikcinį ir stebėsenos vaidmenį sergant krūties vėžiu. Laboratorijose, naudojančiose vieno gamintojo skenerius (8 įverčių rinkiniai), vidutinių automatinių įverčių vidinės klasės koreliacijos koeficientas buvo 0,89 (95 % patikimumo intervalas: 0,81–0,96) – panašus į 0,87 koeficientą (95 % patikimumo intervalas: 0,81–0,93), gautą su tais pačiais preparatais ankstesniame vizualaus vertinimo atkartojamumo tyrime. Automatinis mašininis vidutinio Ki67 vertinimas gali pasiekti tarplaboratorinį atkartojamumą, panašų į griežtai standartizuoto patologų vizualaus Ki67 vertinimo.
2017Rimm DL, McShane LM, Leung SCY, Bai Y, Bane AL, Bartlett JMS, Bayani J, Chang MC, Dean M, Denkert C, Enwere E, Galderisi C, Gholap A, Hugh JC, Jadhav A, Kornaga E, Laurinavicius A, Levenson R, Lima J, Miller K, Pantanowitz L, Piper T, Ruan J, Srinivasan M, Virk S, Wu Y, Yang H, Hayes DF, Nielsen TO, Dowsett M: An international multicenter study to evaluate reproducibility of automated scoring methods for assessment of Ki67 in breast cancer. Cancer Research 2017.↗ visas tekstas
2017Radziuviene G, Rasmusson A, Augulis R, Lesciute-Krilaviciene D, Laurinaviciene A, Clim E, Laurinavicius A: Automated Image Analysis of HER2 Fluorescence In Situ Hybridization to Refine Definitions of Genetic Heterogeneity in Breast Cancer Tissue. Biomed Research International 2017.↗ visas tekstas
2017Mea VD, Carbone A, Di Loreto C, Bueno G, De Paoli P, Garcia-Rojo M, de Mena D, Gloghini A, Ilyas M, Laurinavicius A, Rasmusson A, Milione M, Dolcetti R, Pagani M, Stoppini A, Sulfaro S, Bartolo M, Mazzon E, Soyer HP, Pantanowitz L: Teaching Digital Pathology: The International School of Digital Pathology and Proposed Syllabus. J Pathol Inform 2017. p. 27.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisŠio pranešimo tikslas – pristatyti šios skaitmeninės patologijos mokyklos kontekstą, pagrindimą ir programą. Skaitmeninė patologija yra tarpdisciplininė sritis, kurioje susilieja patologijos, laboratorinių metodų, informatikos, kompiuterių mokslo, informacinių sistemų, inžinerijos ir net biologijos kompetencijos. Todėl studentų mokymas skaitmeninės patologijos reikalauja visų šių disciplinų aprėpties, žinių ir praktinės patirties.
2017Barisoni L, Gimpel C, Kain R, Laurinavicius A, Bueno G, Zeng CH, Liu ZH, Schaefer F, Kretzler M, Holzman LB, Hewitt SM: Digital pathology imaging as a novel platform for standardization and globalization of quantitative nephropathology. Clin Kidney J 2017. pp. 176-87.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisSkaitmeninės patologijos taikymas nefrologijoje sukuria platformą naujoms inkstų biopsijų vizualaus, morfometrinio ir kompiuterizuoto vertinimo metodologijoms ir protokolams kurti. Skaitmeninė patologija tapo vertinga priemone išsamiai struktūrinei informacijai skaitmenine forma gauti – tai esminė prielaida tiksliajai patologijai ir skaičiuojamajai biologijai. Šios naujos technologijos taikymas tarptautiniu mastu skatina naujus bendradarbiavimo būdus, teikia unikalių galimybių, bet kelia ir iššūkių.
2016Laurinavicius A, Plancoulaine B, Herlin P, Laurinaviciene A: Comprehensive Immunohistochemistry: Digital, Analytical and Integrated. Pathobiology 2016. pp. 156-63.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisĮprastinės imunohistochemijos (IHC) rezultatai paprastai gaunami vizualiai, kokybiškai arba pusiau kiekybiškai vertinant. Labai reikia objektyviai vertinti biožymenų raiškos erdvinį heterogeniškumą ir kurti kombinuotus ar integruotus biožymenis.
2016Besusparis J, Plancoulaine B, Rasmusson A, Augulis R, Green AR, Ellis IO, Laurinaviciene A, Herlin P, Laurinavicius A: Impact of tissue sampling on accuracy of Ki67 immunohistochemistry evaluation in breast cancer. Diagnostic Pathology 2016.↗ visas tekstas
2015Plancoulaine B, Laurinaviciene A, Herlin P, Besusparis J, Meskauskas R, Baltrusaityte I, Iqbal Y, Laurinavicius A: A methodology for comprehensive breast cancer Ki67 labeling index with intra-tumor heterogeneity appraisal based on hexagonal tiling of digital image analysis data. Virchows Archiv 2015. pp. 711-22.↗ visas tekstas
2014Plancoulaine B, Laurinaviciene A, Meskauskas R, Baltrusaityte I, Besusparis J, Herlin P, Laurinavicius A: Digital immunohistochemistry wizard: image analysis-assisted stereology tool to produce reference data set for calibration and quality control. Diagn Pathol 2014. p. S8.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisSkaitmeninė vaizdų analizė (DIA) užtikrina geresnį imunohistocheminių (IHC) tyrimų atkartojamumą. Skaitmeninis IHC vedlys leido DIA padedama stereologija nuosekliai ir efektyviai gauti etaloninius duomenis. Jis gali būti kokybės kontrolės priemonė DIA etapų tikslumui įvertinti.
2014Laurinavicius A, Plancoulaine B, Laurinaviciene A, Herlin P, Meskauskas R, Baltrusaityte I, Besusparis J, Dasevicius D, Elie N, Iqbal Y, Bor C, Ellis IO: A methodology to ensure and improve accuracy of Ki67 labelling index estimation by automated digital image analysis in breast cancer tissue. Breast Cancer Research 2014.↗ visas tekstas
2014Laurinaviciene A, Plancoulaine B, Baltrusaityte I, Meskauskas R, Besusparis J, Lesciute-Krilaviciene D, Raudeliunas D, Iqbal Y, Herlin P, Laurinavicius A: Digital immunohistochemistry platform for the staining variation monitoring based on integration of image and statistical analyses with laboratory information system. Diagn Pathol 2014. p. S10.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisSkaitmeninė imunohistochemija (IHC) yra vienas perspektyviausių naujos kartos vaizdų analizės (IA) taikymų. Mūsų sprendimas leido IA priemonėmis stebėti IHC daugiaaudinių kontrolių dažymą, po to atliekant automatinę statistinę analizę, integruotą į laboratorijos darbo eigą. Nustatėme, kad net gretimuose serijiniuose audinio pjūviuose IHC IA rezultatus veikė su audiniu susiję veiksniai, o silpnesnis mėlynas kontrastinis dažymas buvo susijęs su mažesniu IA priemonių aptiktu audinio kiekiu.
2013Laurinavicius A, Laurinaviciene A, Meskauskas R, Baltrusaityte I, Besusparis J, Herlin P, Plancolaine B, Elie N, Belhomme P, Bor-Angelier C: Automated image analysis enables accurate enumeration of the Ki-67 labelling index of breast cancer. Virchows Archiv 2013. p. 101.nuolatinės nuorodos nėra
2012Yagi Y, Rojo MG, Kayser K, Kayser G, Laurinavicius A, Della Mea V, Levy B, Klossa J, Tearney G, Szymas J, Tsuchihashi Y, Tetu B: The First Congress of the International Academy of Digital Pathology: Digital pathology comes of age Introduction. Anal Cell Pathol 2012. pp. 1-2.↗ visas tekstas
2012Laurinavicius A, Raslavicus P: Consequences of "going digital" for pathology professionals - entering the cloud. Studies in health technology and informatics 2012. pp. 62-7.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisNaujos galimybės ir skaitmeninių technologijų diegimas pakeis patologijos specialistų ir tarnybų darbą. Patologija yra vaizdais grįsta disciplina, todėl skaitmeninio vaizdinimo atėjimas į šią sritį žada esminį mūsų darbo ir reikalingo mąstymo pokytį. Pripažindami fizinį ir skaitmeninį patologijos darbo eigos dvilypumą, galime pasirengti neišvengiamam skaitmeninės dalies augimui, sujungti jėgas ir naudotis jos privalumais.
2012Laurinavicius A, Laurinaviciene A, Ostapenko V, Dasevicius D, Jarmalaite S, Lazutka J: Immunohistochemistry profiles of breast ductal carcinoma: factor analysis of digital image analysis data. Diagnostic Pathology 2012.↗ visas tekstas
2012Laurinavicius A, Laurinaviciene A, Dasevicius D, Elie N, Plancoulaine B, Bor C, Herlin P: Digital image analysis in pathology: Benefits and obligation. Anal Cell Pathol 2012. pp. 75-8.↗ visas tekstas
2012Garcia-Rojo M, Daniel C, Laurinavicius A: SNOMED CT in pathology. Studies in health technology and informatics 2012. pp. 123-40.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisIspanijos patologų draugija apibrėžė patologijos mėginių ir procedūrų poaibį. Kalbant apie diagnozių kodavimą, SNOMED CT morfologinių pakitimų subhierarchiją reikia gerokai išplėsti ir patobulinti, kad ji taptų naudinga patologams. Reikalingas sutarimas, kaip koduoti patologijos išvadas tinkamomis hierarchijomis ir sąvokomis.
2012Daniel C, Booker D, Beckwith B, Della Mea V, Garcia-Rojo M, Havener L, Kennedy M, Klossa J, Laurinavicius A, Macary F, Punys V, Scharber W, Schrader T: Standards and specifications in pathology: image management, report management and terminology. Studies in health technology and informatics 2012. pp. 105-22.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisPriimdami medicininius sprendimus, sveikatos priežiūros specialistai turi turėti visą reikiamą informaciją – teisingą ir lengvai prieinamą. DICOM priedai 122 ir 145 pateikia lanksčius informacijos objektų apibrėžimus, skirtus atitinkamai mėginiui aprašyti ir WSI gavimui, saugojimui bei rodymui. Profiliai „Anatomic Pathology Reporting for Public Health“ (ARPH) ir „Anatomic Pathology Structured Report“ (APSR) pateikia standartinius šablonus ir transakcijas struktūruotoms išvadoms dalytis ar keistis; jose tekstiniai stebėjimai, koduojami PathLex – tarptautiniu kontroliuojamu žodynu, šiuo metu susiejamu su SNOMED CT sąvokomis, – gali būti susieti su skaitmeniniais vaizdais ar jų dominančiomis sritimis.
2011Laurinaviciene A, Dasevicius D, Ostapenko V, Jarmalaite S, Lazutka J, Laurinavicius A: Membrane connectivity estimated by digital image analysis of HER2 immunohistochemistry is concordant with visual scoring and fluorescence in situ hybridization results: algorithm evaluation on breast cancer tissue microarrays. Diagnostic Pathology 2011.↗ visas tekstas
2011Hufnagel P, Schrader T, Rojo G, Laurinavicius A, Kayser G: Demands on scanner developments based on technical and human tests. Virchows Archiv 2011. pp. S314-S5.nuolatinės nuorodos nėra
2011Garcia Rojo M, Laurinavicius A, Punys V, Gehring S: Encoding pathology diagnosis with SNOMED CT: feasibility of migration from SNOMED II to SNOMED CT. Virchows Archiv 2011. p. S309.nuolatinės nuorodos nėra
2011Daniel C, Macary F, Garcia Rojo M, Klossa J, Laurinavicius A, Beckwith BA, Della Mea V: Recent advances in standards for collaborative Digital Anatomic Pathology. Diagnostic Pathology 2011.↗ visas tekstas
2011Brazdziute E, Laurinavicius A: Digital pathology evaluation of complement C4d component deposition in the kidney allograft biopsies is a useful tool to improve reproducibility of the scoring. Diagnostic Pathology 2011.↗ visas tekstas
2009Punys V, Laurinavicius A, Puniene J, Adlassnig K, Blobel B, Mantas J, Masic I: A Data Model for Handling Whole Slide Microscopy Images in Picture Archiving and Communications Systems. Medical Informatics in a United and Healthy Europe 2009. pp. 856-60.↗ visas tekstas
6. Nefropatologija ir inkstų ligos
Diagnostinė ir vis labiau skaičiuojamoji nefropatologija: glomerulų ligos, transplantato patologija, Alporto sindromas ir nacionalinės biopsijų studijos.
2025Cerkauskaite-Kerpauskiene A, Navickaite M, Savige J, Mazur G, Brazdziunaite D, Azukaitis K, Slazaite G, Laurinavicius A, Miglinas M, Vainutiene V, Strupaite-Sileikiene R, Misevice A, Mickeviciene V, Cerkauskiene R: Lithuanian Study on COL4A3 and COL4A4 Genetic Variants in Alport Syndrome: Clinical Characterization of 52 Individuals from 38 Families. Int J Mol Sci 2025.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisCOL4A3 ir COL4A4 variantai sukelia autosominį dominantinį ir recesyvinį Alporto sindromą, tačiau duomenų apie jų pasiskirstymą ir klinikinę raišką skirtingose populiacijose tebėra nedaug. Daugumos asmenų, sergančių autosominiu dominantiniu Alporto sindromu, inkstų funkcija buvo normali (aGFG > 90 ml/min/1,73 m²), o sergančiųjų autosominiu recesyviniu Alporto sindromu liga buvo sunkesnė. Inkstų nepakankamumas išsivystė 2 iš 4 (50 %) autosominio recesyvinio ir 2 iš 48 (4 %) autosominio dominantinio Alporto sindromo atvejų.
2024Augulis R, Rasmusson A, Laurinaviciene A, Jen KY, Laurinavicius A: Computational pathology model to assess acute and chronic transformations of the tubulointerstitial compartment in renal allograft biopsies. Sci Rep 2024. p. 5345.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisPacientų su persodintu inkstu gydymas daugiausia priklauso nuo biopsijos diagnozės, pagrįstos pusiau kiekybiniu atmetimo požymių bei ūminių ir lėtinių inkstų parenchimos pokyčių masto vertinimu. Pagrindinių komponenčių analizė atskleidė du nepriklausomus veiksnius, kuriuos galima interpretuoti kaip lėtinį ir ūminį tubulointersticinį pažeidimą. K vidurkių klasterizavimas suskirstė biopsijas pagal galimus įvairaus laipsnio kombinuotų ūminių ir lėtinių pokyčių fenotipus.
2022Popova A, Racenis K, Kuzema V, Saulite AJ, Saulite M, Broks R, Oleinika K, Slisere B, Petersons A, Laurinavicius A, Cernevskis H, Lejnieks A, Kroica J: Leucine-Rich Alpha-2-Glycoprotein as a Potential Marker of Mesangial Cell Proliferation in Immunoglobulin a Nephropathy. Nephrology Dialysis Transplantation 2022. pp. I293-I.nuolatinės nuorodos nėra
2022Cerkauskaite A, Savige J, Janonyte K, Jeremiciute I, Miglinas M, Kazenaite E, Laurinavicius A, Strupaite-Sileikiene R, Vainutiene V, Burnyte B, Jankauskiene A, Rolfs A, Bauer P, Schroeder S, Cerkauskiene R: Identification of 27 Novel Variants in Genes COL4A3, COL4A4, and COL4A5 in Lithuanian Families With Alport Syndrome. Front Med-Lausanne 2022 859521.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisAlporto sindromas (AS) – paveldima liga, kuriai būdinga hematurija, proteinurija ir inkstų funkcijos sutrikimas, dažnai kartu su ekstrarenaliniais pasireiškimais. Dažniausi COL4A3–5 genų pokyčiai buvo missense variantai (n = 19), o splaisingo vietos, kadrą keičiantys, nežinomi variantai ir stop kodono pokyčiai dažniau nustatyti COL4A4 ir COL4A5 genuose ir sudarė atitinkamai 3, 3, 1 ir 1 iš visų naujų variantų. Genotipo ir fenotipo koreliacijos analizė parodė, kad kai kuriems variantams būdingas fenotipinis kintamumas šeimos viduje.
2022Azukaitis K, Besusparis J, Laurinavicius A, Jankauskiene A: Case Report: SARS-CoV-2 Associated Acute Interstitial Nephritis in an Adolescent. Front Pediatr 2022 861539.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisŪminis intersticinis nefritas (ŪIN) neseniai pripažintas vienu iš retų inkstų pažeidimo fenotipų suaugusiesiems, sergantiems sunkia ūmine respiracine sindromo koronaviruso 2 (SARS-CoV-2) infekcija. Tiriant vaikus, sergančius neaiškios etiologijos ŪIN, reikėtų atsižvelgti į epidemiologinę anamnezę, serologinius tyrimus ir SARS-CoV-2 nustatymą biopsijoje. Inkstų funkcija toliau blogėjo, nepaisant kelių dienų vien palaikomojo gydymo (didžiausias kreatinino kiekis serume 272 µmol/l), todėl pradėtas pulsinis gydymas metilprednizolonu, po kurio skirtas geriamasis prednizolonas, palaipsniui mažinant dozę.
2019Cerkauskaite A, Cerkauskiene R, Miglinas M, Laurinavicius A, Ding C, Rolfs A, Venceviciene L, Barysiene J, Kazenaite E, Sadauskiene E: Genotype-Phenotype Correlation in a New Fabry-Disease-Causing Mutation. Med Lith 2019 122.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisFabry liga (FL) – reta su X chromosoma susijusi paveldima lizosominio kaupimo liga, kurią sukelia alfa-galaktozidazės A trūkumas, lemiantis glikosfingolipidų kaupimąsi ląstelėse. Lietuvių šeimoje, kurioje heterozigotinėms moterims pasireiškė klasikinė Fabry ligos forma su vyraujančiu širdies pažeidimu, nustatyta nauja GLA mutacija c.270C>G (p.Cys90Trp). Probandės, jos motinos ir vieno iš jos sūnų DNR sekoskaita atskleidė naują GLA geno 2 egzono mutaciją c.270C>G (p.Cys90Trp).
2017Juozapaite S, Cerkauskiene R, Laurinavicius A, Jankauskiene A: The impact of IgM deposits on the outcome of Nephrotic syndrome in children. BMC nephrology 2017.↗ visas tekstas
2016Riispere Z, Laurinavicius A, Kuudeberg A, Seppet E, Sepp K, Ilmoja M, Luman M, Kolvald K, Auerbach A, Ots-Rosenberg M: IgA nephropathy clinicopathologic study following the Oxford classification: Progression peculiarities and gender-related differences. Medicina (Kaunas) 2016. pp. 340-8.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisRemdamiesi pagrindinių IgA nefropatijos progresavimą lemiančių rizikos veiksnių koreliacine analize, galime daryti išvadą, kad vyrams IgA nefropatija progresuoja greičiau nei moterims. Vidutinis pacientų amžius buvo 33,7 metų (intervalas 16–76). Stebėjimo duomenys buvo prieinami apie 64 pacientus; vidutinė stebėjimo trukmė – 4,1 metų.
2015Ziedina I, Laurinavicius A, Jushinskis J, Suhorukov V, Malcevs A, Rozentals R: EFFICACY OF RITUXIMAB IN TREATMENT OF TRANSPLANT GLOMERULOPATHY. Transplant International 2015. p. 503.nuolatinės nuorodos nėra
2015Kantauskaite M, Laucyte-Cibulskiene A, Miglinas M, Laurinavicius A: HISTOPATHOLOGICAL CLASSIFICATION FOR THE PREDICTION OF RENAL OUTCOME IN CRESCENTIC GLOMERULONEPHRITIS. Nephrology Dialysis Transplantation 2015.nuolatinės nuorodos nėra
2015Brazdziute E, Miglinas M, Gruodyte E, Priluckiene J, Tamosaitis A, Bumblyte IA, Kuzminskis V, Burbaickaja S, Sakalauskiene M, Jankauskiene A, Cerkauskiene R, Pundziene B, Laurinavicius A: Nationwide renal biopsy data in Lithuania 1994-2012. International urology and nephrology 2015. pp. 655-62.↗ visas tekstas
2007Maslauskiene R, Bumblyte IA, Sileikiene E, Grazulis S, Laurinavicius A, Pleckaitis M, Alekniene D, Dobrovolskiene R, Vainauskas V, Juodeikiene L, Steckis R, Sakalauskiene M, Macius K, Urbanaviciene J, Labutiene V, Gaupsiene E, Ziaukiene G, Burbaickaja S, Gailiunas J: [The prevalence of Fabry's disease among male patients on hemodialysis in Lithuania (a screening study)]. Medicina (Kaunas) 2007. pp. 77-80.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisFabry liga – su X chromosoma susijusi įgimta glikosfingolipidų apykaitos liga, kurią sukelia lizosominės hidrolazės alfa-galaktozidazės A trūkumas. Šiuo atrankos metodu nerasta nė vieno paciento, įtariamo sergant Fabry liga. Šios ligos paplitimas tarp vyrų, gydomų lėtine hemodialize, skirtingose šalyse skiriasi.
2007Beitnaraite S, Kovaliunas E, Laurinavicius A: [Primary glomerulopathies in Lithuania: a retrospective analysis of renal biopsy cases (2000-2006)]. Medicina (Kaunas) 2007. pp. 6-10.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisAtliktas retrospektyvus 1363 natyvių inkstų biopsijų, atliktų Lietuvos nefrologijos skyriuose ir ištirtų Nacionaliniame patologijos centre 2000–2006 m., tyrimas. Ekstrakapiliarinis proliferacinis glomerulonefritas ir difuzinis endokapiliarinis proliferacinis glomerulonefritas sudarė atitinkamai 9,1 % ir 4,4 %. Neuždegiminės glomerulopatijos buvo palyginti retos: židininė segmentinė glomerulosklerozė sudarė 14,8 %, minimalių pokyčių liga – 9,7 %, membraninė nefropatija – 7,4 %.
2006Razukeviciene L, Bumblyte I, Kuzminskis V, Laurinavicius A: Membranoproliferative glomerulonephritis is still the most frequent glomerulonephritis in Lithuania. Clinical Nephrology 2006. pp. 87-90.nuolatinės nuorodos nėra
2004Kaltenis P, Schumacher V, Jankauskiene A, Laurinavicius A, Royer-Pokora B: Slow progressive FSGS associated with an F392L WT1 mutation. Pediatric Nephrology 2004. pp. 353-6.↗ visas tekstas
2003Razukeviciene L, Kuzminskis V, Bumblyte IA, Laurinavicius A: [The indications of renal biopsies and spectrum of renal diseases in five nephrological centers of Lithuania (a five-year study)]. Medicina (Kaunas) 2003. pp. 1-8.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisRetrospektyvus 316 pacientų, kuriems 1995–1999 m. penkiuose Lietuvos nefrologijos centruose atlikta inkstų biopsija, tyrimas. Pagrindinės inkstų biopsijos indikacijos buvo nefrozinis sindromas (29,1 %) bei hematurija ir nenefrozinė proteinurija (27,8 %). Dažniausias inkstų pažeidimo tipas buvo pirminis glomerulonefritas – 194 (69,3 %), vyrams jis pasitaikė 2,4 karto dažniau nei moterims.
2003Razukeviciene L, Kuzminskis V, Bumblyte IA, Laurinavicius A: [Prognosis of chronic renal failure in patients with membranous nephropathy]. Medicina (Kaunas) 2003. pp. 9-15.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintis1995–1999 m. penkiuose Lietuvos nefrologijos centruose inkstų biopsija atlikta 280 pacientų. Analizė atskleidė daugybę inkstų nepakankamumo progresavimo rizikos veiksnių: pradinis inkstų nepakankamumas (p = 0,000), sistolinė ir diastolinė hipertenzija (p = 0,009 ir p = 0,009), proteinurija (≥1 g/l, ≥3 g/l) (p = 0,026). Membraninės nefropatijos ilgalaikė prognozė buvo palyginti gera – 5 metų inkstų išgyvenamumas siekė 84,2 %.
2003Rainiene T, Papinigiene L, Laurinavicius A: [Nephrotoxicity of cyclosporin A after kidney transplantation]. Medicina (Kaunas) 2003. pp. 161-5.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisŠio tyrimo tikslas buvo nustatyti CsA nefrotoksiškumo dažnį pagal persodinto inksto biopsijos medžiagos pokyčius ir jo sąsają su CsA koncentracija kraujyje. Palyginus CsA koncentracijas kraujyje (>200 ng/ml) tarp Gr1 ir Gr2, nustatyti statistiškai reikšmingi skirtumai (atitinkamai 70,6 % ir 15,4 %, p < 0,05). Vidutinė CsA koncentracija kraujyje buvo didesnė Gr1 grupėje (328,7 ± 153,8 ng/ml ir 202,4 ± 145,6 ng/ml, p < 0,03).
2003Laurinavicius A, Gruodyte E, Priluckiene J, Razukeviciene L, Supranaviciene L, Salkus G: [Potential causes of antigenemia in the patients with an immune complex-mediated membranoproliferative glomerulonephritis in Lithuania]. Medicina (Kaunas) 2003. pp. 28-32.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisMūsų tyrimo tikslas buvo įvertinti galimas nuolatinės antigenemijos priežastis pacientams, sergantiems imunokompleksiniu membranoproliferaciniu glomerulonefritu (IMPGN). Didžiajai daliai pacientų (20; 44 %) nustatytos įvairios lokalizacijos nuolatinės bakterinės infekcijos. Keturi pacientai (9 %) buvo infekuoti hepatito B virusu (HBV).
2003Furness P, Taub N, Assmann K, Banfi G, Cosyns J, Dorman A, Hill C, Kapper S, Waldherr R, Laurinavicius A, Marcussen N, Martins A, Nogueira M, Regele H, Seron D, Carrera M, Sund S, Taskinen E, Paavonen T, Tihomirova T, Rosenthal R: International variation in histologic grading is large, and persistent feedback does not improve reproducibility. American Journal of Surgical Pathology 2003. pp. 805-10.↗ visas tekstas
2002Laurinavicius A, Rennke HG: Collapsing glomerulopathy - A new pattern of renal injury. Seminars in diagnostic pathology 2002. pp. 106-15.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisKolapsuojanti glomerulopatija – inkstų pažeidimo forma, išryškėjusi kartu su ŽIV infekcijos epidemija. Vis dėlto šių skirtumų nepakanka, kad vien iš biopsijos radinių būtų galima nustatyti paciento ŽIV būklę. Kolapsuojanti glomerulopatija taip pat gali išsivystyti kartu su limfoproliferacinėmis ligomis, į sisteminę raudonąją vilkligę panašiomis ir kitomis autoimuninėmis ligomis, kitais imunodeficito sindromais ir virusinėmis infekcijomis, taip pat imunosupresinio gydymo metu.
2001Jankauskiene A, Druskis V, Laurinavicius A: Cyclosporine nephrotoxicity: associated allograft dysfunction at low trough concentration. Clinical Nephrology 2001. pp. S27-S9.nuolatinės nuorodos nėra
1999Laurinavicius A, Hurwitz S, Rennke H: Collapsing glomerulopathy in HIV and non-HIV patients: A clinicopathological and follow-up study. Kidney International 1999. pp. 2203-13.↗ visas tekstas
7. Molekuliniai ir genetiniai biožymenys
Epigenetiniai ir molekuliniai biožymenys, daugiausia prostatos vėžyje ir atsparume chemoterapijai.
2019Gasiule S, Dreize N, Kaupinis A, Razanskas R, Ciupas L, Stankevicius V, Kapustina Z, Laurinavicius A, Valius M, Vilkaitis G: Molecular Insights into miRNA-Driven Resistance to 5-Fluorouracil and Oxaliplatin Chemotherapy: miR-23b Modulates the Epithelial-Mesenchymal Transition of Colorectal Cancer Cells. J Clin Med 2019 2115.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisNors storosios žarnos vėžys plačiai gydomas 5-fluorouracilu ir oksaliplatina, po gydymo dažnai ištinka recidyvas. miR-23b išjungimas iš dalies atkūrė jautrumą oksaliplatinai, parodydamas esminį miR-23b vaidmenį šio klasterio lemiamam atsparumui vaistams. Proteominė analizė nustatė miR-23b taikinių genus ir parodė, kad su nejautrumu oksaliplatinai susijęs endotelio ir mezenchimos virsmas (EMT).
2018Kukcinaviciute E, Jonusiene V, Sasnauskiene A, Dabkeviciene D, Eidenaite E, Laurinavicius A: Significance of Notch and Wnt signaling for chemoresistance of colorectal cancer cells HCT116. Journal of Cellular Biochemistry 2018. pp. 5913-20.↗ visas tekstas
2017Demidenko R, Daniunaite K, Bakavicius A, Sabaliauskaite R, Skeberdyte A, Petroska D, Laurinavicius A, Jankevicius F, Lazutka JR, Jarmalaite S: Decreased expression of MT1E is a potential biomarker of prostate cancer progression. Oncotarget 2017. pp. 61709-18.↗ visas tekstas
2015Serenaite I, Daniunaite K, Jankevicius F, Laurinavicius A, Petroska D, Lazutka JR, Jarmalaite S: Heterogeneity of DNA methylation in multifocal prostate cancer. Virchows Archiv 2015. pp. 53-9.↗ visas tekstas
2015Demidenko R, Daniunaite K, Laurinavicius A, Lazutka JR, Jankevicius F, Jarmalaite S: Gene expression profile of recurrent prostate cancer. BJU international 2015. pp. 6-7.nuolatinės nuorodos nėra
2014Demidenko R, Daniunaite K, Laurinavicius A, Jankevicius F, Jarmalaite S, Lazutka JR: Investigation of potential biomarkers of biochemically recurrent prostate cancer. Febs Journal 2014. p. 481.nuolatinės nuorodos nėra
2014Daniunaite K, Stuopelyte K, Stankevicius V, Laurinavicius A, Jankevicius F, Jarmalaite S: Analysis of miRNA expression in prostate tumors and urine samples. Febs Journal 2014. pp. 262-3.nuolatinės nuorodos nėra
2014Daniunaite K, Jarmalaite S, Kalinauskaite N, Petroska D, Laurinavicius A, Lazutka JR, Jankevicius F: Prognostic Value of RASSF1 Promoter Methylation in Prostate Cancer. Journal of Urology 2014. pp. 1849-55.↗ visas tekstas
2012Sabaliauskaite R, Jarmalaite S, Petroska D, Dasevicius D, Laurinavicius A, Jankevicius F, Lazutka JR: Combined analysis of TMPRSS2-ERG and TERT for improved prognosis of biochemical recurrence in prostate cancer. Genes Chromosomes & Cancer 2012. pp. 781-91.↗ visas tekstas
2012Cortese R, Kwan A, Lalonde E, Bryzgunova O, Bondar A, Wu Y, Gordevicius J, Park M, Oh G, Kaminsky Z, Tverkuviene J, Laurinavicius A, Jankevicius F, Sendorek DHS, Haider S, Wang S-C, Jarmalaite S, Laktionov P, Boutros PC, Petronis A: Epigenetic markers of prostate cancer in plasma circulating DNA. Human Molecular Genetics 2012. pp. 3619-31.↗ visas tekstas
2011Daniunaite K, Berezniakovas A, Jankevicius F, Laurinavicius A, Lazutka JR, Jarmalaite S: Frequent Methylation of RASSF1 and RARB in Urine Sediments From Patients with Early Stage Prostate Cancer. Med Lith 2011. pp. 147-53.nuolatinės nuorodos nėra
2009Jankevicius F, Jarmalaite S, Sabaliauskaite R, Kalinauskaite N, Dasevicius D, Laurinavicius A, Lazutka J: TMPRSS2: ERG gene fusion and epigenetic changes in tumour suppressor genes are associated with clinical markers of poor prognosis in prostate cancer patients. European Urology Supplements 2009. p. 573.↗ visas tekstas
1999Popendikyte V, Laurinavicius A, Paterson A, Macciardi F, Kennedy J, Petronis A: DNA methylation at the putative promoter region of the human dopamine D2 receptor gene. Neuroreport 1999. pp. 1249-55.↗ visas tekstas
1999Petronis A, Popendikyte V, Kennedy J, Laurinavicius A: DNA methylation analysis of the putative promoter region of the dopamine D2 receptor gene in postmortem brains of schizophrenia patients and controls. Schizophrenia Research 1999. pp. 100-1.nuolatinės nuorodos nėra
8. Regeneracinė medicina ir ikiklinikiniai modeliai
Ikiklinikinės kamieninių ląstelių ir biomedžiagų studijos, daugiausia inkstų pažaidos srityje.
2024Gryguc A, Maciulaitis J, Mickevicius L, Laurinavicius A, Sutkeviciene N, Grigaleviciute R, Zigmantaite V, Maciulaitis R, Bumblyte IA: Prevention of Transition from Acute Kidney Injury to Chronic Kidney Disease Using Clinical-Grade Perinatal Stem Cells in Non-Clinical Study. Int J Mol Sci 2024.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisŪminis inkstų pažeidimas (ŪIP) plačiai pripažįstamas lėtinės inkstų ligos (LIL) atsiradimo ar sparčios progresijos pirmtaku. Rezultatai parodė, kad hpMSC padidino žiurkių išgyvenamumą ir pagerino inkstų funkciją, sumažindamos kreatinino, šlapalo, kalio ir frakcionuoto kalio kiekius serume. Be to, tyrimas parodė, kad hpMSC gali užkirsti kelią pradinėms inkstų struktūrinės fibrozės stadijoms ir pagerinti inkstų funkciją ankstyvose stadijose, mažindamos vėlyvąją intersticinę fibrozę ir kanalėlių atrofiją.
2020Gryguc A, Maciulaitis J, Mickevicius L, Laurinavicius A, Sutkeviciene N, Bumblyte IA, Maciulaitis R: Placenta derived stem cells for acute kidney injury treatment in a xenogeneic preclinical model. Cytotherapy 2020. pp. S203-S.nuolatinės nuorodos nėra
2016Pavyde E, Maciulaitis R, Mauricas M, Sudzius G, Didziokiene EI, Laurinavicius A, Sutkeviciene N, Stankevicius E, Maciulaitis J, Usas A: Skeletal Muscle-Derived Stem/Progenitor Cells: A Potential Strategy for the Treatment of Acute Kidney Injury. Stem Cells Int 2016 Artn 9618480.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisIš griaučių raumenų išskirtos kamieninės / pirmtakinės ląstelės (MDSPC) yra išsamiai ištirtos ir jau naudotos ikiklinikiniuose tyrimuose. MDSPC geba skatinti funkcinį ir histologinį inkstų atsigavimą ir gali būti laikomos galima ŪIP gydymo strategija. MDSPC pasižymėjo panašiu imunofenotipu, kamieninių ląstelių genų raiška ir daugiakrypčio diferencijavimosi gebėjimais kaip ir kaulų čiulpų mezenchiminės kamieninės ląstelės (BM-MSC), tačiau proliferavo greičiau.
2015Pavyde E, Maciulaitis R, Mauricas M, Sudzius G, Didziokiene EI, Laurinavicius A, Sutkeviciene N, Stankevicius E, Maciulaitis J, Usas A: Skeletal muscle-derived stem/progenitor cells: a potential strategy for the treatment of acute kidney injury. Acta Physiologica 2015. pp. 8-9.nuolatinės nuorodos nėra
2015Maciulaitis J, Deveikyte M, Rekstyte S, Bratchikov M, Darinskas A, Simbelyte A, Daunoras G, Laurinaviciene A, Laurinavicius A, Gudas R, Malinauskas M, Maciulaitis R: Preclinical study of SZ2080 material 3D microstructured scaffolds for cartilage tissue engineering made by femtosecond direct laser writing lithography. Biofabrication 2015.↗ visas tekstas
9. Biofotonika ir spektroskopinis audinių vaizdinimas
Bežymis ir pažangus optinis audinių vaizdinimas: infraraudonųjų spindulių, netiesinė optinė ir poliarizacinė mikroskopija.
2022Plancoulaine B, Rasmusson A, Labbe C, Levenson R, Laurinavicius A: A new approach for microstructure imaging. Sci Rep 2022. p. 19565.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisNuolatinė mikrostruktūros tyrimų problema – mėginio apšvietimas. Čia aprašome aukšto dažnio metodą šiai apšvietimo problemai spręsti. Pirmiausia atliekamas išsamus asimptotinių lygčių tyrimas, siekiant nustatyti perspektyviausią algoritmą 3D mikrostruktūros analizei.
2021Vitkunaite A, Laurinaviciene A, Plancoulaine B, Rasmusson A, Levenson R, Shribak M, Laurinavicius A: Intranuclear birefringent inclusions in paraffin sections by polychromatic polarization microscopy. Sci Rep 2021. p. 6275.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisIntrabranduoliniai dvejopai laužiantys intarpai (IBI), randami įvairių tipų ląstelėse parafinu įlietų audinių pjūviuose, ilgą laiką buvo laikomi audinio apdorojimo artefaktu, nors buvo keliama prielaida apie jų sąsają su biologiniais procesais. Jų erdvinei organizacijai vaizduoti taikėme polichromatinę poliarizacinę mikroskopiją. Mūsų tyrimas pateikia įrodymų, kad IBI sudaro skysto parafino ir makromolekulių kristalai, susidarantys ląstelėse įliejimo į parafiną metu, ir kad jie gali atspindėti aktyvią transkripcijos būklę.
2020Sablinskas V, Bandzeviciute R, Velicka M, Ceponkus J, Urboniene V, Jankevicius F, Laurinavicius A, Dasevicius D, Steiner G: Fiber ATR infrared spectroscopy of kidney tissue during live surgery. J Biophotonics 2020.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisDaugiau nei 90 % solidinių inkstų navikų yra piktybiniai ir turi būti gydomi chirurgine rezekcija, o chirurginio gydymo rezultatai ir paciento prognozė priklauso nuo naviko atskyrimo nuo sveiko audinio. Naviko ir normalaus audinio sugerties ribinės vertės nustatomos diskriminantine analize. Šis naujas metodas leidžia chirurgui nustatyti klinikinę diagnozę.
2014Galli R, Sablinskas V, Dasevicius D, Laurinavicius A, Jankevicius F, Koch E, Steiner G: Non-linear optical microscopy of kidney tumours. Journal of Biophotonics 2014. pp. 23-7.↗ visas tekstas
2011Sablinskas V, Urboniene V, Ceponkus J, Laurinavicius A, Dasevicius D, Jankevicius F, Hendrixson V, Koch E, Steiner G: Infrared spectroscopic imaging of renal tumor tissue. Journal of Biomedical Optics 2011.↗ visas tekstas
10. Kitos klinikinės ir transliacinės bendradarbystės
Bendros klinikinės studijos kardiologijos, insulto, chirurgijos ir kitose srityse.
2024Lengvenis G, Drachneris J, Zurauskas E, Ekkert A, Berukstis A, Kurminas M, Gircius R, Mikelis K, Afanasjev A, Ryliskiene K, Laurinavicius A, Tamosiunas AE: Association between Left Atrial Appendage Morphology and Clot Histology in Patients with Embolic Ischemic Stroke: An Exploratory Study. J Clin Med 2024.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisŪminis embolinis išeminis insultas yra svarbus sveikatos priežiūros iššūkis. „Vištos sparno“ tipo kairiojo prieširdžio ausytės (LAA) morfologija siejama su mažesniu fibrino kiekiu krešulyje, palyginti su kitais LAA tipais, o tai rodo galimai skirtingus embolijos mechanizmus ar skirtingus embolų šaltinius. Šiai sąsajai ištirti reikia tolesnių tyrimų.
2023Hashimoto D, Gulla A, Satoi S, Yamamoto T, Yamaki S, Matsui Y, Ohe C, Yamasaki M, Hamada M, Ikeura T, Shimatani M, Breugelmans R, Utkus A, Poskus T, Samuilis A, Miglinas M, Laurinavicius A, Tomoda K, Hendrixson V, Sekimoto M, Strupas K: The academic impact and value of an international online surgery lecture series. Surg Today 2023.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisDėl 2019 m. koronaviruso ligos pandemijos sukeltų kelionių apribojimų visame pasaulyje per pastaruosius 2 metus daugelis universitetų ir studentų prarado galimybes dalyvauti tarptautiniuose mainuose. Nuo 2021 m. spalio iki 2022 m. gegužės perskaityta penkiolika paskaitų. Paskaitos buvo skirtos virškinamojo trakto chirurgijai, gastroenterologijai, radiologijai, patologijai, genetikai, laboratorinei medicinai ir organų transplantacijai.
2021Mastaviciute A, Kilaite J, Petroska D, Laurinavicius A, Tamulaitiene M, Alekna V: Associations between Physical Function, Bone Density, Muscle Mass and Muscle Morphology in Older Men with Sarcopenia: A Pilot Study. Medicina (Kaunas) 2021.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisVyrams, sergantiems sarkopenija, maža liesoji raumenų masė buvo susijusi su mažu šlaunikaulio kaklo kaulų mineralų tankiu (KMT) ir mažesne raumenų jėga. Sarkopenija ir osteoporoze sergantiems vyrams mažas raumenų skaidulų plotas buvo susijęs su prastais pusiausvyros testo rezultatais. Į tyrimą įtrauktas 151 vyras, 60 metų ir vyresnis.
2021Dulskas A, Poskus T, Kildusiene I, Patasius A, Stulpinas R, Laurinavicius A, Masalaite L, Milaknyte G, Stundiene I, Venceviciene L, Strupas K, Samalavicius NE, Smailyte G: National Colorectal Cancer Screening Program in Lithuania: Description of the 5-Year Performance on Population Level. Cancers (Basel) 2021.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisSiekėme pristatyti visą šalį apimančios Nacionalinės storosios žarnos vėžio (KRV) atrankinės patikros programos įgyvendinimo rezultatus. Valstybinė ligonių kasa (VLK) apmoka institucijoms už kiekvieną suteiktą paslaugą; kiekviena programos procedūra turi savo administracinį kodą.
2021Bausys A, Senina V, Luksta M, Anglickiene G, Molnikaite G, Bausys B, Rybakovas A, Baltruskeviciene E, Laurinavicius A, Poskus T, Bausys R, Seinin D, Strupas K: Histologic Lymph Nodes Regression after Preoperative Chemotherapy as Prognostic Factor in Non-metastatic Advanced Gastric Adenocarcinoma. J Cancer 2021. pp. 1669-77.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisTyrimo tikslas – įvertinti limfmazgių (LM) atsaką į priešoperacinę chemoterapiją ir jo įtaką ilgalaikėms baigtims sergant pažengusiu skrandžio vėžiu (PSV). Histologinė LM metastazių regresija po priešoperacinės chemoterapijos prognozuoja ilgesnį pacientų, sergančių nemetastazavusiu rezekuojamu PSV, išgyvenamumą. Iš 87 į galutinę analizę įtrauktų pacientų 29,9 % buvo lnNEG, 21,8 % – lnR ir 48,3 % – lnNR.
2019Sileikiene V, Laurinaviciene A, Lesciute-Krilaviciene D, Jurgauskiene L, Malickaite R, Laurinavicius A: Levels of CD4+ CD25+ T regulatory cells in bronchial mucosa and peripheral blood of chronic obstructive pulmonary disease indicate involvement of autoimmunity mechanisms. Adv Respir Med 2019. pp. 159-66.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisMedžiaga ir metodai: bronchų audinio biopsijos mėginiai prospektyviai surinkti iš 64 pacientų (39 sergančių LOPL ir 25 kontrolinių – 15 rūkančiųjų ir 10 nerūkančiųjų). LOPL sergantys pacientai suskirstyti į lengvos / vidutinės (GOLD I–II stadija) ir sunkios / labai sunkios (GOLD III–IV stadija) ligos grupes. Atlikta skaitmeninė vaizdų analizė CD4+ CD25+ ląstelių infiltratų tankiui dvigubos imunohistochemijos biopsijų preparatuose įvertinti.
2014Mastaviciute A, Alekna V, Tamulaitiene M, Laurinavicius A, Petroska D, Strazdiene V: ASSOCIATION BETWEEN SKELETAL MUSCLE MORPHOMETRIC INDICES AND BODY COMPOSITION IN MEN WITH SARCOPENIA. Osteoporosis International 2014. p. S393.nuolatinės nuorodos nėra
2013Mastaviciute A, Alekna V, Laurinavicius A, Tamulaitiene M, Petroska D, Strazdiene V: RELATIONSHIP BETWEEN SKELETAL MUSCLE MASS, STRENGTH AND PHYSICAL PERFORMANCE IN ELDERLY MEN WITH SARCOPENIA. Osteoporosis International 2013. p. S242.nuolatinės nuorodos nėra
2012Simanauskiene E, Daugelaviciene V, Laurinavicius A, Mickys U, Simonyte V, Vaitkeviciene G, Verkauskas G: Unilateral hydronephrosis and renal damage after acute leukemia. Case Rep Med 2012. p. 968491.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintis14 metų berniukui įprastinio kasmetinio ultragarsinio tyrimo metu nustatyta besimptomė dešiniojo inksto hidronefrozė. DMSA scintigrafija patvirtino dešiniojo inksto funkcijos sutrikimą ir kairiojo inksto pažeidimo nebuvimą. Dešinioji retroperitoneoskopinė nefrektomija atskleidė 3 inkstų arterijas, iš kurių apatinio poliaus arterija gulėjo ant pyeloureterinės jungties.
2010Rimiene J, Petronyte J, Gudleviciene Z, Smailyte G, Krasauskaite I, Laurinavicius A: A Shandon PapSpin liquid-based gynecological test: A split-sample and direct-to-vial test with histology follow-up study. CytoJournal 2010.↗ visas tekstas
2007Zurauskas E, Usinskiene J, Gaigalaite V, Blanc R, Usinskas A, Laurinavicius A: [Models of intracranial aneurysms for angiographic imaging modalities. A technical note]. Medicina (Kaunas) 2007. pp. 562-7.↗ visas tekstasⓘPagrindinė mintisTikslas – aprašyti techninius kraujagyslių modelių su intrakranijine aneurizma gamybos in vitro aspektus, tinkamus angiografiniam vaizdinimui. Dviejų komponentų silikonas praktiškas galvos smegenų arterijų liejiniams žmogaus preparatuose gaminti. 50 °C želatinos tirpalas, praskiestas vandeniu santykiu 1:1, gali būti naudojamas arterijų liejinių kopijoms gaminti. Vaškinės medžiagos netinka liejiniams žmogaus preparatuose gaminti.
2004Jankauskiene S, Zurauskas E, Laurinaviciene A, Vaisnyte B, Barkauskas E, Kucinskiene Z, Laurinavicius A, Triponis V: Detection of Chlamydia pneumoniae and cytomegalovirus in atherosclerotic tissue and investigation of serological status of patients with chronic atherosclerosis in Lithuanian population. Atherosclerosis Supplements 2004. pp. 14-5.nuolatinės nuorodos nėra
2004Jankauskiene S, Zurauskas E, Laurinaviciene A, Vaisnyte B, Barkauskas E, Kucinskiene Z, Laurinavicius A: Detection of Chlamydia pneumoniae in atherosclerothic tissue and investigation of serological status in patients with chronic atherosclerosis. Atherosclerosis Supplements 2004. p. 125.nuolatinės nuorodos nėra
11. Saugoma intelektinė nuosavybė
Abu patentai apima tą patį išradimą – automatinį naviko–stromos sąsajos zonos nustatymą ir imunogradiento rodiklius priešnavikinio atsako vertinimui. Abu priklauso Vilniaus universitetui; išradėjai: A. Laurinavicius, A. Rasmusson, A. Nestarenkaite, D. Zilenaite, R. Augulis.
JAV patentas 12,131,481 B2
Jungtinės Valstijos · suteiktas 2024-10-29 Prioritetas 2019-04-09 · paraiška 2020-04-09 Galiojimo pabaiga ~2041-04-20